實施環保審查，廢污水 100% 納管處理
1. 環保審查
南科管理局扮演著園區永續環境的維護者，除了瞭解各事業單位是否確實履行許可內容，也必須至現場查核及追蹤，才可進一步檢討制度上之盲點，藉由可行的方式規範各事業依循許可證登載內容操作，並落實許可證管理以及推動各污染總量管制之基礎工作，以利於整體環境品質與永續之推動。
為確實掌握園區施工期程間及園區污染物所造成之環境衝擊，南科管理局積極地在環境影響評估承諾事項及其審查結論之改善著手，並持續委託專業人員辦理「南部科學園區施工期間環境監測計畫」，針對施工中之園區週邊環境品質進行調查追蹤，藉以掌握各項工程對環境品質之影響程度，適時修正施工作業方式並採行有效防制對策，以達成兼顧工程建設與環境品質維護之目標。同時，經由環境背景資料之蒐集與分析，建立長期性環境監測系統及資料庫，以符合環保追蹤管制之規定。
另外，針對臺南園區及高雄園區的營建工程進行營建工地空氣污染防制設施查核及營建工地逕流廢水污染削減計畫查核；針對園區內各項環保設施，除了平時密集派員抽查監控外，另外因為園區無論是污水處理量或是廢棄物處理量都有一定規模，環保主管機關如環保署及臺南市、高雄市環保局都會不定期安排稽查行動。
2. 廢污水處理
全園區所產生的廢水經過妥善處理，符合園區污水納管標準，統一排放至園區污水下水道系統，經污水廠處理後之放流水水質均符合放流水標準，最終流向海洋，而部分放流水則回收用於污水廠內設備清洗、植栽澆灌及景觀水池。2023 年納管率達 100%。
3. 環境監測
園區內主要監測項目皆符合法規標準，各監測項目之詳細監測指標、數據等皆定期於南科管理局網站公告，可至「環境監測資料」區查詢。2023 年南科管理局接獲 1 件陳情園區環境白煙事件、1 件陳情廢棄物堆置過多情形，接獲後立即進行瞭解並完成處置。
南科管理局依據「空氣污染防制法」規定，除溫室氣體外，定期盤查各項空氣污染物，包含氮氧化物、硫氧化物、揮發性有機物以及粒狀物等，減少對環境之負擔。
