生態保護意識擴散
1. 生態聚落
南科管理局為在園區營造友善的生態環境，於臺南園區霞客湖旁首創「人工濕地」保育生態區，是國內第二個取得法源依據的生態保護專區，具備草地、灌木叢、水池、溝渠等不同類型的棲地，高雄園區亦設有生態保護區，以及因應新設園區發展，亦規畫在嘉義園區保留 1.45 公頃、屏東園區保留 0.8 公頃棲地，分別復育環頸雉及草鴞，不只是打造科技廊帶，更將形成「南台灣生態廊帶」。
南科管理局持續委託生態調查團隊執行生態調查工作，包含水陸兩棲動植物，分析物種族群數量的變化資料。特別就保育鳥類的繁殖進行觀察與紀錄，2023 年所觀測到之鳥類中，臺南園區共 6 種、高雄園區共 7 種為農委會公告之保育鳥類 ( 非 IUCN 紅色名單種類 )，種類如燕鴴、紅尾伯勞、彩鷸、黑翅鳶、環頸雉、紅隼等。
另外，橋頭園區的開發不僅著重科技產業的發展，也將兼顧環境的保育，園區利用滾水坪泥火山公園環境優化，以營造適合東方草鴞利用之棲地，另於高雄園區擴大異地補償，劃設約 20 公頃的草鴞異地保育區，在 2022、2023 年於園區內棲架成功發現草鴞活動的身影。南科管理局積極執行後續草鴞保育及監測工作，並成立東方草鴞保育推動小組，滾動檢討保育計畫成效，希望讓東方草鴞成為橋頭科學園區的象徵，打造科技與環境保育並存的產業聚落。
2. 園區生態資訊公開
園區從業人員每天上下班必經之路，園區的各個角落，許多小小的生物棲息著，南科管理局為推動生態保育與復育，積極透過網路媒體分享，以有趣圖文或影片介紹園區內常見物種，讓民眾能一窺園區內的生態資源也感受大自然的奧妙，同時宣傳園區內的環境保育。
3. 環境教育
南科管理局持續辦理環境教育課程相關活動，融入防治水污染、廢棄物減量、自然環境探索，以及防災防汛等議題。南科環境教育園區發展出 4 套課程分別為生命之源 - 水、垃圾魔術師、自然探索家、雨我同在，積極發展到校環境教育課程，將垃圾魔術師與生命之源 - 水兩套課程打造成行動教學箱，分別為水滴小英雄與垃圾探險家課程，另將垃圾魔術師課程內容擴增至高中職，並與園區內高中職共同辦理試教活動，2023 年共辦理 33 場次環境教育課程，共計 1,116 人次參與，導入更多元的環境友善理念及措施，打造永續發展的綠色園區。
4. 生態導覽
園區推動自然保育觀念及行動方面一直不餘遺力，因此希望可以藉由寓教於樂的方式，在不破壞自然環境的原則下能夠享受多采多姿的生態體驗，一起認識臺灣保護區域及生物多樣性的珍貴與脆弱，進而在生活中採取具體可行的友善行動。2023 年辦理生態導覽活動，參與人數總計 80 人。
精進規劃
南科管理局在園區建設、開發的過程中，透過持續與在地溝通，針對當地資源及需求進行改善，不僅帶動周遭鄰里的就業，也提升居民生活品質，建構出便利且富含人文氣息的科技社區，此一成功經驗未來也將複製到新園區建設規劃中，如滾水坪地質公園 ( 橋頭園區 )、八角寮考古遺址保留地 ( 南科三期 )、全功能生活服務區 ( 嘉義園區 / 屏東園區 )、屏科實驗中學、嘉科實驗中學等，並盡可能引進低碳產業，同時鼓勵廠商導入綠建築設計，使整體園區得以兼顧「生產、生活、生態」，並進一步取得生態社區認證標章。
臺南園區及高雄園區均設有採生態工法構築之滯洪池公園，設計淺灘區、深水區、人工島等多樣性棲地，不僅使環境相優於開發前的單一作物 ( 農地 )，且後續鳥類調查記錄發現之種類，更較開發初期的數量翻倍，故管理局依循此成功經驗，將生態滯洪池設計導入新園區 ( 橋頭、嘉義、屏東 ) 之規劃，希望南科為當地帶來的不只是就業和經濟發展，還能豐富社區內的生物多樣性。