低碳生態社區，建築與環境共生共利
1. 生態社區
南科管理局推動綠建築，促進建築與環境共生共利，落實建築節約能源，持續降低能源消耗及減少二氧化碳之排放，為鑽石級綠建築密度最高的科學園區。臺南園區及高雄園區皆已取得鑽石級生態社區標章，佔全國鑽石級生態社區 1/3，目前園區共計有 18 座建築物取得 EEWH 鑽石級綠建築標章，綠建築面積佔園區建築總樓地板面積 35.4%。
2. 景觀綠化
為營造臺南、高雄園區主要道路之植栽帶多元繽紛的色彩意象，南科管理局每年持續規劃園區景觀改善工程，以汰換生長不良喬木或老化灌木。整體景觀塑造以人為本的角度思考，應用複層植栽概念，選擇具季節性形態與色彩性變化，搭配園區周邊四季色調，展現豐富景色風情，園區綠美化作業完成後整體景觀煥然一新。
面對龐大的落葉及樹枝等植物性廢棄物，本局於 2013 年開始臺南園區建置綠資源回收場，將落葉與有機蔗肥拌攪後製成堆肥，大型殘枝利用碎木機絞碎成木屑，散佈於園區景觀植栽綠帶，高雄園區亦於 2016 年建置綠資源回收場完成，永續利用於南科土地上。2022 年臺南及高雄園區草屑落葉堆肥產出量計 773 公噸，木屑產出量計 152 公噸，統計 2013 至 2022 年間，共產出堆肥成品 6,533 公噸、木屑成品 2,654 公噸。
單車漫遊
為推廣環保、省錢、健康又紓壓的自行車活動，南科管理局特與園區各公司自行車社團合辦單車漫遊活動，分為漫遊組與耐力組二組，漫遊組人員於奇美博物館園區內單車漫行及遊覽，耐力組則走雙博物館自行車道，自奇美博物館至歷史博物館，參與人數總計 150 人。
